20 мая 2004 года (через два с половиной месяца после смены премьера и начала реализации административной реформы) указом президента РФ #649 в ведение премьера переданы две службы из состава МЭРТа (Федеральная служба по тарифам и Федеральная служба государственной статистики) и два агентства из состава Минпромэнерго (Федеральное космическое агентство и Федеральное агентство по атомной энергии). Кроме того, службы по технологическому и по атомному надзорам были слиты в одну Федеральную службу по экологическому, технологическому и атомному надзору, которая также была переподчинена Михаилу Фрадкову. В тот же день создана служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, подчиненная главе правительства.
18 ноября указом #1453 находившееся в составе Минздрава Федеральное агентство по физкультуре и туризму разделили на два — Федеральное агентство по туризму и Федеральное агентство по физической культуре и спорту. Обе структуры переданы в подчинение главы правительства.
7 сентября 2005 года создана Федеральная аэронавигационная служба, находящаяся в ведении премьера.
В результате если в самом начале административной реформы (9 марта 2004 года) в подчинении главы правительства находилось всего две федеральные службы (антимонопольная и по финансовым рынкам), то сейчас Михаил Фрадков непосредственно руководит восемью службами (с учетом ФТС) и четырьмя агентствами.