Порядок формирования органов госвласти субъектов РФ напрямую Конституцией не регламентируется. Провозглашая свободные выборы высшим выражением власти народа, основной закон в то же время не рассматривает выборы в качестве "единственно допустимого механизма формирования всех органов публичной власти на каждом из уровней ее организации". К примеру, не избираются Совет федерации, председатель правительства и его заместители, федеральные министры. То есть Конституция в целях уравновешивания основ государственности (таких, как демократия, суверенитет, государственная целостность и федерализм) допускает "возможность различных вариантов наделения полномочиями органов и должностных лиц публичной власти".
Оспоренные нормы не являются вмешательством в компетенцию субъектов РФ, поскольку в целях построения единой системы исполнительной власти федеральный законодатель должен установить единый для всех регионов порядок наделения полномочиями высшего должностного лица субъекта РФ. При этом глава региона является элементом системы исполнительной власти и находится в отношениях субординации непосредственно с президентом РФ, который, "как глава государства, избираемый посредством всеобщих прямых выборов, обеспечивает согласованное функционирование всех органов госвласти".
18 января 1996 года КС принял постановление о неконституционности ряда положений устава Алтайского края, предполагавших избрание главы края региональным парламентом. Однако эти оценки "не могут быть в полной мере использованы" для оценки нового порядка избрания губернаторов, поскольку положения Конституции применяются в том числе "посредством конкретизирующих их законов в определенной системе правового регулирования, притом в развивающемся социально-историческом контексте". А правовые позиции, сформулированные КС "в системе прежнего правового регулирования и имевшей место в то время конституционной практики", могут уточняться либо изменяться "с учетом конкретных социально-правовых условий их реализации, в том числе с учетом изменений в системе правового регулирования". Следовательно, тезис 1996 года о необходимости прямых выборов главы региона "не может быть истолкован как невозможность установления какого-либо иного порядка".
Полномочие президента РФ вносить в региональный парламент кандидатуру губернатора Конституцией непосредственно не предусмотрено. Но это не мешает федеральному законодателю возложить подобное полномочие на президента, являющегося непосредственным представителем всего народа РФ. Кроме того, это право президента не может рассматриваться как нарушение принципа разделения властей, поскольку окончательное решение о наделении полномочиями губернатора принимает законодательный орган субъекта.
Право принимать участие в прямых выборах губернатора не закреплено в качестве конституционного права гражданина РФ, нет его и в числе тех общепризнанных прав и свобод, которые в Конституции не названы. Это право закреплено лишь в некоторых федеральных законах, которые могут меняться. К примеру, до 1995 года у граждан РФ было право избирать членов Совета федерации, которого они затем лишились. К тому же президент, внося кандидатуру губернатора, руководствуется, в частности, такими критериями, как профессионализм, компетентность и опыт, отвечающими требованиям к главе региона. А парламент субъекта, утверждающий кандидатуру, является "полноправным органом народного представительства".