В ноябре 1998 года по инициативе депутата Госдумы Сергея Сухарева Счетная палата начала проверку деятельности компании "Транснефть". Серьезных нарушений проверка не выявила, однако обнаружилось, что финансовое состояние компании ухудшилось из-за тарифной политики Федеральной энергетической комиссии (ФЭК). Депутат ГД Александр Тягунов направил обращение к премьеру РФ с требованием проверить деятельность ФЭК, однако никаких действий не последовало.
В 1999 году Счетная палата проверила ход приватизации Котласского ЦБК и обнаружила массовые нарушения со стороны владельца — корпорации Ilim Pulp Enterprise. В сентябре 2002 года палата подтвердила претензии к Ilim Pulp Enterprise. В настоящее время МВД расследует восемь уголовных дел, связанных с Котласским ЦБК и Ilim Pulp Enterprise.
13 января 2001 года СП РФ завершила проверку деятельности НК "Славнефть", начатую в сентябре 2000 года по инициативе группы депутатов Госдумы. В ходе проверки выявлены факты занижения налогооблагаемой базы и сокрытия информации от акционеров. Эксперты Счетной палаты рекомендовали правительству тщательнее контролировать деятельность нефтяной компании и внести в ее устав изменения, конкретизирующие полномочия президента и совета директоров.
В феврале 2001 года Счетная палата начала проверку приватизации 49,8% акций ТНК. В марте того же года сотрудники МВД обыскали нижневартовские офисы компании. СМИ сообщали, что по итогам проверки выявлены факты нарушения инвестиционных обязательств. Однако 20 июня эксперты СП объявили, что приватизация ТНК прошла без нарушений.
3 сентября 2004 года Счетная палата объявила итоги проверки правильности уплаты налогов ЮКОСом, "Сибнефтью" и ЛУКОЙЛом. Выяснилось, что компании налоги недоплачивают, но виноваты в этом не столько они, сколько законодатели: в законах остаются дыры, позволяющие минимизировать налоги.
6 сентября 2004 года СП объявила об итогах проверки ТНК, проведенной в июне--августе. По ее итогам выявлена новая схема минимизации налогов (через региональные субвенции и трансфертное налогообложение), однако нарушений действующего законодательства при реализации этих схем, по мнению экспертов Счетной палаты, допущено не было.