В июне 2016 года по требованию Центризбиркома ушел в отставку глава Мособлизбиркома Ирек Вильданов, которого обвинили в бездействии по «установленным фактам нарушений» на выборах. Поводом для этого, в частности, стал скандал в Барвихе, где 24 апреля должны были пройти досрочные выборы совета депутатов, но они были отменены.
В июле 2016 года ЦИК выразил недоверие секретарю курского облизбиркома Сергею Мальцеву и взял регион на особый контроль. Поводом для проверки стала жалоба кандидатов партии «Патриоты России» на «целый ряд нарушений» при приеме и проверке документов для заверения списка кандидатов в региональную Думу. В ноябре господин Мальцев «перешел на другую работу».
В августе 2016 года Центризбирком выразил недоверие председателю избиркома Новгородской области Борису Алексееву, после чего он покинул пост. Поводом стала проверка по жалобе «Яблока» на отказ избиркома в регистрации списка партии на выборах в заксобрание. ЦИК счел отказ в регистрации «Яблока» немотивированным.
В октябре 2016 года ЦИК выразил недоверие главе избиркома Воронежской области Владимиру Селянину. Это случилось после жалобы кандидата в депутаты Госдумы Ольги Епифановой о несовпадении результатов голосования на двух воронежских участках с данными, внесенными в ГАС «Выборы». Господин Селянин сложил полномочия.
В феврале 2018 года ЦИК предупредил председателя Мособлизбиркома Ирину Коновалову «о возможности выражения ей недоверия» из-за решения комиссии параллельно с президентскими выборами провести общешкольный референдум. 21 мая госпожа Коновалова покинула свой пост, «чтобы завершить написание докторской диссертации».