Родился 4 мая 1963 года в Москве. Окончил общеэкономический факультет Московского института народного хозяйства им. Г. В. Плеханова (1984), аспирантуру Института экономики Академии наук СССР (1988). Кандидат экономических наук.
В 1989–1990 годах — младший научный сотрудник, научный сотрудник ИЭ АН СССР, эксперт планово-бюджетной комиссии Верховного совета СССР. В 1990 году вошел в состав Государственной комиссии по экономической реформе Совета министров РСФСР. Стал одним из учредителей центра экономических и политических исследований («ЭПИцентр») и партии «Яблоко». В 1993–1997 был депутатом Госдумы, возглавлял комитет по бюджету, налогам, банкам и финансам. В 1997–1999 годах — министр финансов РФ. Покинув правительство, стал советником президента Сбербанка Андрея Казьмина, но в декабре 1999 года был снова избран в Госдуму. До 2005 года был заместителем председателя комитета Госдумы по бюджету и налогам. С 2005 года по предложению главы ВТБ Андрея Костина возглавлял дочерний банк ВТБ 24 (бывший Гута-банк).
С 1 января 2018 года Михаил Задорнов вступает в должность председателя правления банка «ФК Открытие».