18 февраля 2004 года в Дохе по подозрению в убийстве экс-президента Ичкерии Зелимхана Яндарбиева задержали двух россиян. После этого в Москве за незаконный провоз валюты были задержаны член олимпийской сборной Катара по греко-римской борьбе и трое сопровождавших. Для разрешения кризиса в отношениях Катар несколько раз посещал секретарь Совбеза РФ Игорь Иванов. В марте судьбу всех задержанных обсуждал с эмиром Катара Владимир Путин. Вскоре Москва отпустила катарцев. 30 июня катарский суд приговорил россиян к пожизненному заключению, но в декабре их выслали на родину.
В сентябре 2011 года арабские СМИ сообщили о вооруженном покушении на эмира Катара, якобы происшедшем сразу после встречи с российским послом. Обе страны эти сведения опровергли.
29 ноября 2011 года в аэропорту Дохи таможенники и полицейские попытались завладеть диппочтой и напали на посла Владимира Титоренко и встречавших его сотрудников МИДа. Медики зафиксировали у посла ушибы и отслоение сетчатки глаза. 4 декабря МИД РФ сообщил о понижении уровня дипломатических отношений с Катаром. В марте 2012 года господин Титоренко был отозван, новый посол был назначен лишь в ноябре 2013 года.
4 февраля 2012 года алжирское агентство Algeria ISP сообщило, что на заседании Совбеза ООН тогдашний постпред РФ Виталий Чуркин якобы поссорился с премьером Катара Хамадом бен Джасимом ат-Тани. На заявление последнего о том, что в случае блокировки резолюции по Сирии Россия «потеряет все арабские страны», господин Чуркин якобы ответил: «Если вы будете разговаривать со мной таким образом, то уже сегодня не будет больше такого понятия, как Катар». Позже господин Чуркин назвал эти сообщения «наглой ложью».
В ноябре 2014 года представители нескольких турагентств сообщили “Ъ” о том, что власти Катара все чаще отказывают в визах российским туристам. Эксперты связывали эту ситуацию с сирийским конфликтом и конкуренцией на газовом рынке. В посольстве РФ в Дохе «политическую версию» визовых проблем отрицали.