Деятельность Parex banka несколько раз вызывала подозрения российских властей. Так, в 1997 году ЦБ отозвал лицензию у его российской "дочки" Парэкс-банка за "осуществление операций, не предусмотренных лицензией". Банк обвиняли в незаконном осуществлении операций с физлицами — в частности, по привлечению вкладов. В 2003 году регистрационная палата вынесла решение о закрытии представительства группы Parex в Екатеринбурге. Оно было принято по итогам следствия ФСБ, выявившего, что представительство занималось нелегальной банковской деятельностью и вывозом капитала. С 2003 года Генпрокуратурой России расследовалось дело о хищениях со счета ЦБ Туркмении $41 млн, большая часть которых была переведена в Parex banka и ряд российских банков.
Parex упоминался в связи с преступлениями и в других странах. В частности, в 2005 году латвийская газета Diena сообщила, что американское представительство Deutsche Bank закрыло корреспондентский счет Parex banka в США. В качестве одной из причин указывалось возможное давление Минфина США, подозревавшего латвийские банки в участии в схемах по отмыванию денег.
В связи с подозрениями в отмывании денег в СМИ фигурировали и другие латвийские банки. Так, в 2005 году в Мосгорсуде был вынесен приговор по одному из первых дел об отмывании в РФ. Руководители столичного ООО "Эко-Бюро" были заподозрены в том, что в 1997-1998 годах отмыли около $1 млрд, используя в том числе счета в латвийском Aizkraukles banka. Этот банк в 2002 году после расследования спецслужб США сам признавался, что "был втянут в нелегальную финансовую схему" колумбийских наркодельцов. В 2005 году Минфин США внес латвийские VEF Bank и Multibanka в разряд "вызывающих опасения в связи с возможной причастностью к отмыванию денег". Американцы считали, что банки могут быть причастны к серии мошенничеств с "российскими и другими подставными компаниями".