Ограниченный спрос на агропродовольственную продукцию и технику. Либерализация цен в 1992 году привела к отмене госдотаций, которые достигали 80% от розничной цены продуктов. Это сократило покупательную способность населения. Неразвитость рыночной структуры ограничила возможность сбыта.
Тяжелое финансовое положение. Либерализация цен привела к опережающему росту цен на ресурсы и на продукты питания по сравнению с закупочными ценами в сельском хозяйстве. Из-за этого сельхозпредприятия уже в первые годы реформ утратили собственные оборотные средства. Отсутствие адекватной кредитной системы не позволило вовремя восполнить эти потери. Сейчас банковские счета многих предприятий заблокированы, следствием чего стало активное использование бартера и снижение рентабельности.
Нет механизмов перехода первично распределенной собственности в руки эффективных пользователей. Значительная часть земель и основных средств не используется, находясь в руках у практически неработающих хозяйств. Механизм банкротства используется слабо, судебные процедуры слишком длительны, дороги и непривычны для большинства руководителей.
Декапитализация и техническая деградация из-за низкой рентабельности. Отсутствие средств привело к физической амортизации основных средств, в несколько раз уменьшились объемы закупаемых техники и оборудования. Удорожание ресурсов привело, с одной стороны, к их более эффективному использованию в сельском хозяйстве по сравнению с советским периодом. Но, с другой стороны, даже при расширении спроса на отечественную продовольственную продукцию быстрое наращивание предложения будет сдерживаться уровнем декапитализации сектора.
Неразвитость агропродовольственных рынков. Устанавливаются межрегиональные торговые барьеры, что разрывает национальный рынок, тормозит формирование рыночной инфраструктуры, снижает доходы сельхозпроизводителей. Региональные власти стремятся к регулированию розничных цен на базовые продукты питания, что ведет к скачкообразному повышению цен и искажает рыночный сигнал для субъектов рынка.