Непосредственно после перехода Крыма к России грузооборот шести крымских портов резко сократился. Если в 2013 году, по данным BlackSeaTrans, он составлял 13,8 млн тонн, то по итогам 2014 года сократился до 7 млн тонн, но уже в 2015-м начал наверстывать упущенное, достигнув 9,5 млн тонн. Но за 2016 год эту цифру превзошел грузооборот одного порта Керчи, выросший на 22,4%, до 9,6 млн тонн. Грузооборот Севастопольского морского порта составил 0,5 млн тонн. «Объемы перевалки в Севастопольском морском порту в связи с санкциями упали в 2014 году в 100 раз,— говорил в конце 2016 года врио губернатора Севастополя Дмитрий Овсянников.— Но в 2016 году они выросли до 500 тыс. тонн. В этом году убытки сведем к нулю или минимизируем. А в следующем году порт должен быть прибыльным». В целом, по мнению председателя правления «Совфрахта» Дмитрия Пурима, «пока мощность портов избыточна для нынешних объемов грузооборота», но уже к концу 2017 года крымские порты вполне могут достичь уровня грузооборота 2013 года. Но, по его мнению, «крупным транспортным хабом Крым стать не сможет — просто потому, что находится не на стыке международных морских путей».
Порты Крыма с апреля 2014 года оказались в управлении ГУП «Крымские морские порты» (КМП), которое выставило довольно высокие портовые сборы: в 2015 году сборы в Керчи превосходили почти вдвое платежи в порту Темрюк (Краснодарский край). Тарифы не подлежат федеральному регулированию и устанавливаются на уровне республики, где объясняют их рост высокими затратами. Это не устраивает ФАС, которая в феврале начала проверку финансово-экономической деятельности КМП и Севастопольского морского порта за 2015–2016 годы для определения обоснованности заложенных в тарифы расходов. С декабря 2016 года КМП находятся под американскими санкциями (как и Крымская железная дорога), но, по утверждению руководства ГУПа, это не отразится на их деятельности, так как она ориентирована на внутренний рынок.
Впрочем, ни санкции ЕС и США, ни действующий с июня 2014 года украинский запрет международным судам входить в пять крымских портов, не сделали менее оживленным движение в портах. Согласно Lloyd’s List, количество судозаходов в 2015 году выросло вдвое (с 2002 штук годом ранее до 4150), причем флагом-лидером стала Украина, на которую пришлось более тысячи заходов. Но дедвейт резко упал — до 6,9 млн против 14,1 млн тонн в 2014 году и 27,2 млн тонн — в 2013-м. Опираясь на собственную базу отслеживания судов, Lloyd’s List установила, что после введения санкций со стороны ЕС суда, связанные с компаниями из стран ЕС, не просто не перестали заходить в порты Крыма — а количество подобных судозаходов даже возросло, увеличившись в 2015 году на 23,4%, до 380. Количество заходов судов, связанных с американскими компаниями, в 2015 году составило 21 против 18 в 2014 году. Причины — неготовность США и стран ЕС обеспечивать применение санкций к собственным судам, неопределенность с тем, как соотносится флаг судна и санкции, и прочие подобные факторы.