С 1 июля 2005 года ЗАО "Центр внедрения 'Протек'" сложило с себя обязанности эксклюзивного дистрибутора по программе дополнительного лекарственного обеспечения (ДЛО) по Санкт-Петербургу. Пойти на такой шаг компанию вынудили трудности с поставками, из-за которых в первом квартале 2005 года не было выдано лекарств по 200 тыс. "льготных" рецептов. Полпред президента в Северо-Западном федеральном округе Илья Клебанов и губернатор Валентина Матвиенко лично жаловались на "Протек" главе Минздравсоцразвития Михаилу Зурабову и премьеру Михаилу Фрадкову. В итоге программой ДЛО в Санкт-Петербурге с объемом финансирования около $200 млн в год занялась местная компания "Империя-Фарма".
14 мая 2006 года произошел пожар на складе "Протека" в московском районе Медведково. Огонь уничтожил фасовочный конвейер, на котором формировались заказы для большинства аптек московского региона. По оценкам DSM Group, недополученная прибыль компании из-за пожара составила около $10 млн. В результате по итогам 2006 года "Протек" впервые уступил конкуренту "СИА Интернешнл" лидерство в секторе коммерческих продаж (доли рынка составили 18,9% и 22,2% соответственно).
16 ноября 2006 года в московском офисе компании прошел обыск, были изъяты документы и электронные носители. Обыскали также дом гендиректора компании Виталия Смердова. Следственные действия проводились в рамках расследования дела о взяточничестве и нецелевом использовании бюджетных средств сотрудниками Федерального фонда обязательного медицинского страхования. Чиновники, в частности, обвинялись в злоупотреблениях при проведении конкурсов на право поставлять лекарства льготникам (в этих конкурсах участвовал и неоднократно побеждал "Протек").
В декабре 2006 года "Протек" постигла неудача в шести конкурсах на участие в программе ДЛО-2007. Компания, претендовавшая на 32% бюджета этой программы, получила только 22%. Она проиграла все конкурсы в Северо-Западном регионе, выиграл только один из 11 лотов в азиатской части РФ. В конкурсах по дорогостоящим препаратам компания смогла победить лишь в 3 из 16 лотах (при этом по 4 лотам документы "Протека" вообще не приняли к конкурсу). В итоге компания, планировавшая получить за счет участия в программе ДЛО $639 млн выручки, смогла рассчитывать только на $352 млн.