9 августа 1999 года два российских Су-25 сбросили несколько контейнеров с минами в районе грузинского села Земо-Омало. В результате были ранены три человека. МИД России признал факт навигационной ошибки и принес извинения — единственный раз за все случаи, когда Грузия обвиняла российские ВВС в незаконном пересечении границы. Как объяснила российская сторона, в разгар боев с чеченскими боевиками самолеты должны были заминировать участок на территории Дагестана недалеко от границы с Грузией.
17 декабря 1999 года департамент по охране госграницы Грузии заявил, что российские вертолеты дважды нарушили воздушную границу около села Шатили. Однако эти данные опровергло министерство госбезопасности Грузии.
23 августа 2002 года Грузия заявила, что семь самолетов ВВС России бомбили Панкисское ущелье и Тианетский район, в результате чего погиб один и ранено семь человек. Наблюдатели ОБСЕ подтвердили факт пересечения границы неопознанными самолетами. РФ отвергла обвинения.
В 2003 году МИД Грузии трижды заявлял, что российский Су-25 выполняет разведывательные полеты над Грузией в районе границы с Чечней. ВВС России отрицали факт полетов.
31 июля 2006 года министр обороны Грузии Ираклий Окруашвили заявил, что вертолет российских ВВС нарушил воздушную границу в Кодорском ущелье. "Был большой соблазн открыть огонь, но мы постарались не отвечать на провокацию",— заявил он. "Мы летали над той территорией, над которой нам положено летать",— сообщил в ответ командующий Коллективными силами по поддержанию мира в зоне грузино-абхазского конфликта Сергей Чабан.
С 1999 года Грузия заявляла о 33 нарушениях Россией воздушных границ. Пик обвинений пришелся на 2002 год — тогда грузинская сторона заявляла протест восемь раз.