Дело "Аэрофлота"
18 января 1999 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело по материалам проверки "Аэрофлота" Счетной палатой. 6 апреля первому замгендиректора компании Николаю Глушкову, коммерческому директору Александру Красненкеру и их знакомому Борису Березовскому предъявлены обвинения в незаконной предпринимательской деятельности и отмывании денег. Позже аналогичные обвинения предъявлены старшему вице-президенту "Аэрофлота" по финансам Лидии Крыжевской и главе Финансовой объединенной корпорации (ФОК) Роману Шейнину. Следствие считало, что в 1996-1999 годах на счета швейцарской фирмы Andava и ФОК были незаконно перечислены $939 млн, выведенные из оборота "Аэрофлота". 4 ноября обвинения с господина Березовского сняты, так как они "не нашли подтверждения".
5 декабря 2000 года обвинения переквалифицированы в "хищение в составе организованной группы путем мошенничества", в июне 2001 года добавлено "невозвращение из-за границы валюты". 20 июля 2001 года следствие окончено. В августе из дела "Аэрофлота" выделено дело швейцарской компании Forus, обвиняемым по которому стал покинувший Россию Борис Березовский.
7 декабря 2000 года Николай Глушков арестован в Москве и помещен в СИЗО "Матросская Тишина", с остальных обвиняемых взята подписка о невыезде. 18 декабря 2001 года дело передано в Савеловский райсуд Москвы. 12 марта 2004 года господин Глушков приговорен к трем годам и трем месяцам лишения свободы, которые уже отсидел в СИЗО. Александр Красненкер и Лидия Крыжевская получили два с половиной и полтора года соответственно, но были амнистированы. С Романа Шейнина обвинения сняли за истечением срока давности.
21 июня 2004 года по ходатайству Генпрокуратуры Мосгорсуд отменил приговор, 27 сентября в Савеловском суде начался второй процесс. Один из обвиняемых — Александр Красненкер — скончался в 2005 году. Николая Глушкова, Лидию Крыжевскую и Романа Шейнина суд 3 июля 2006 года признал виновными в хищении $7 млн, приговорив каждого к двум годам условно.