В структуре ФНС действуют девять МРИ по работе с крупнейшими плательщиками: семь специализированных инспекций находятся в Москве, две (для крупных предприятий машиностроительной отрасли и создаваемая "финансовая" инспекция) — в Санкт-Петербурге. На учете в них состоят согласно внутренним правилам ФНС компании с суммой налоговых платежей свыше 1 млрд руб. в год либо с годовой выручкой или размером активов более 10 млрд руб. Для клиентов, работающих на алкогольном и табачном рынке, действуют специальные критерии отнесения к крупнейшим компаниям. По данным ФНС на 1 января 2006 года, компаний, обслуживающихся в восьми МРИ, насчитывалось 360, к 2007 году их будет с учетом "финансовой" МРИ #9 не менее 500.