В ноябре 2004 года вышло постановление правительства Москвы о пересмотре условий аренды принадлежащих городу площадей, в том числе занимаемых федеральными структурами, которые арендуют на льготных условиях около 2,113 млн кв. м из примерно 7 млн кв. м нежилых площадей Москвы. Столичные власти предложили федеральным увеличивать арендные платежи на 30% ежегодно вплоть до достижения ими рыночного уровня. Федеральный центр, структуры которого уже тогда имели серьезную задолженность по арендным платежам, с инициативой московских властей не согласился: глава Минфина Алексей Кудрин заявил, что бюджетные лимиты расходов федеральных органов власти утверждены и увеличиваться не будут.
В декабре 2004-го мэрия обратилась в Конституционный суд. Рассмотрение дела должно было состояться в марте 2005 года, но было отложено по просьбе заявителя, поскольку стороны решили договориться. Однако конфликт, напротив, обострился. В апреле 2005 года Алексей Кудрин предложил главе правительства Михаилу Фрадкову проверить обоснованность применения правительством Москвы нового подхода в установлении ставок аренды, а 12 июля Минфин, Минэкономразвития и Росимущество направили мэру Москвы письмо, в котором потребовали передать федеральному центру собственность, не используемую для реализации своих полномочий. Тем не менее город это предписание до сих пор не выполнил, ссылаясь на приостановку действия оспоренной в КС нормы 122-го закона до завершения рассмотрения дела. Одновременно правительство Москвы начало подавать в арбитражные суды иски к организациям федерального подчинения с требованиям заключать договоры по рыночной стоимости.