11 июля 2001 года правительство утвердило "Основные направления реформирования электроэнергетики". 3 августа принят "План мероприятий первого этапа реформирования электроэнергетики". Документ предполагал подготовку к концу года изменений в федеральные законы. Из-за споров между ведомствами сроки были перенесены на второй квартал 2002 года.
В конце апреля 2002 года кабинет направил в парламент пакет из шести законопроектов. Дума приступила к их рассмотрению только осенью, а приняла 21 февраля 2003 года. Одновременно администрация президента и правительство заблокировали принятие советом директоров РАО ЕЭС проектов реформы региональных АО-энерго.
На время думского обсуждения законов прекратила работу комиссия правительства под руководством Виктора Христенко, готовившая стратегию РАО ЕЭС на время реформы. Затягивание с принятием законов привело к изменению временных рамок стратегии. Она готовилась по схеме "3+3" (три года до реформы и три после), а принята была 29 мая 2003 года собранием акционеров РАО как "5+5".
27 июня 2003 года премьер Михаил Касьянов подписал "План мероприятий по реформированию электроэнергетики на 2003-2005 годы". 5 марта и. о. премьера Виктор Христенко вывел из него важный пункт о прекращении перекрестного субсидирования и доведении тарифов для населения до реальных. Вскоре исполнение плана сорвали смена правительства и административная реформа.
25 июня 2004 года новый премьер Михаил Фрадков нанес еще один удар по реформе, объявив, что ключевой вопрос о способе приватизации оптовых генерирующих компаний (ОГК) будет решен не к 30 июня, а к декабрю 2004 года.
17 июля 2004 года господин Фрадков подписал новый план, по которому внесение в правительство подавляющего числа нормативных документов по реформе переносилось на срок до трех кварталов, а перехода к свободной купле-продаже электричества следовало ожидать не ранее 2006 года. На декабрьском заседании кабинета вопрос о механизмах продажи ОГК решен все же не был, но Анатолию Чубайсу разрешили продолжить процесс разделения мощностей и конфигурации на их базе ОГК и территориальных генерирующих компаний.
15 апреля 2005 года правительство утвердило план реформы на 2005-2006 годы, в котором впервые были установлены сроки окончательной ликвидации РАО — конец 2006 года. А 25 мая 2005 года произошел московский энергокризис, и в Госдуме зазвучали предложения о сворачивании реформы, так как дробление РАО не позволит предотвратить последствия подобных аварий. 25 ноября на совете директоров РАО Анатолий Чубайс представил новый план реформы холдинга: часть компаний выделится в 2006 году, а часть проведет допэмиссию акций под конкретные инвестиционные проекты. 8 декабря 2005 года эта схема одобрена на заседании правительства. В результате окончание реформы переносилось на 2008 год.