19 июня 1998 года президент Ичкерии Аслан Масхадов после столкновений между своими сторонниками и религиозными экстремистами в Гудермесском районе объявил ваххабизм в республике вне закона. Был выпущен указ о запрете всех проповедующих данное учение общественно-политических организаций, в том числе ряда работавших в Чечне саудовских и кувейтских религиозных фондов. Реализовать запрет не удалось, так как экстремистов поддержали влиятельные полевые командиры Шамиль Басаев и Зелимхан Яндарбиев.
В период второй чеченской кампании несколько раз была вынуждена прекращать свою работу в республике и на всем Северном Кавказе международная организация "Врачи без границ". Причиной становились похищения сотрудников организации, в частности, Кеннета Глака в январе 2001 года, Арьяна Эркеля в августе 2002 года. Кроме того, российские силовики неоднократно намекали на связь "Врачей без границ" с западными спецслужбами и на этом основании неоднократно пытались ограничить их деятельность.
С 6 сентября 2002 года в Чечне начали действовать новые правила пребывания представителей любых международных гуманитарных организаций. Передвигаться по территории республики они могли только с разрешения военной комендатуры и местных органов госбезопасности. Для этого каждый месяц они должны были предоставлять заявки на оформление маршрутных листов. Введение правил объяснялось заботой о безопасности иностранцев.
В ноябре 2002 года МИД России отказался продлить мандат группы содействия ОБСЕ в Чечне, работавшей с 1995 года. Глава МИДа Игорь Иванов объяснил это тем, что "не все наши партнеры оказались готовы адекватно оценить ситуацию и в полной мере осознать новые реалии, складывающиеся в Чечне". С 1 января 2003 года организация покинула республику.
16 января 2006 года Верховный суд Ингушетии поддержал иски прокуратуры о запрете деятельности неправительственных организаций "Центр Миротворчества и Общественного Развития" (Великобритания) и "HELP — Помощь в Самопомощи" (Германия), оказывавших помощь жителям Чечни и беженцам в Ингушетии. Причиной названо отсутствие у этих организаций необходимых по закону "Об общественных объединениях" разрешений. Рассматривается аналогичный иск против представительства корпорации "Интернешэнл Медикал Кор. (IMC)" (США).