С 11 апреля по 9 июля 1992 года правительственную комиссию по экспортному контролю возглавлял первый вице-премьер Егор Гайдар. 9 июля 1992 года его сменил вице-премьер Георгий Хижа. 30 июня 1993 года комиссию возглавил первый вице-премьер Олег Сосковец. 20 июня 1996 года он был отстранен от должности первого вице-премьера и одновременно оставил пост председателя комиссии. С июня 1996 по сентябрь 2001 года назначений на пост председателя комиссии не было. Заседания комиссии проходили под председательством премьера или одного из вице-премьеров. 4 сентября 2001 года правительственная комиссия по экспортному контролю была упразднена.
Чуть раньше, 29 января 2001 года, указом президента Владимира Путина создана Федеральная комиссия по экспортному контролю, которую возглавил вице-премьер Илья Клебанов. 17 июля 2002 года его сменил вице-премьер, министр финансов Алексей Кудрин. 23 июля 2003 года председателем комиссии был назначен вице-премьер Борис Алешин.