В июле--августе 1999 года ФСНП в ходе проверки компании "Роснефть" выявила уклонения от уплаты налога на реализацию ГСМ. С компании взыскано 34 млн руб. В апреле 2002 года Счетная палата обвинила "Роснефть" в использовании схем перераспределения налогов в региональные бюджеты в ущерб федеральному. При этом эксперты СП признали, что руководство компании не нарушило никаких законов. 12 мая 2003 года Счетная палата ознакомила Совет федерации с итогами проверки "Роснефти" и "Сибнефти" в июле--октябре 2002 года. Выяснилось, что компании, используя схемы сокращения налогообложения, ежегодно недоплачивают в бюджет $2-4 млрд. 18 июля 2003 года председатель Счетной палаты Сергей Степашин обнародовал итоги проверки "Роснефти" в сфере действия закона о соглашениях о разделе продукции. Проверка, которая проходила с января по июнь, показала, что "Роснефть" не выполняет обязанности, возложенные на компанию законом.
25 мая 2001 года налоговая инспекция Омской области обнародовала результаты проверки деятельности "Сибнефти", проведенной в 2000 году. Были возбуждены два уголовных дела по статьям 159 и 199 УК РФ в связи с мошенничеством при возврате НДС на экспортные поставки нефти в Киргизию, Молдавию и на Украину. В августе 2001 года оба дела прекращены за отсутствием состава преступления.
13 января 2001 года Счетная палата по итогам проверки "Славнефти" рекомендовала правительству "тщательнее контролировать деятельность компании". В ходе проверки выявлены случаи занижения налогооблагаемой базы и сокрытия информации от акционеров. В апреле 2002 года ГУБЭП МВД РФ провело по требованию депутата Юрия Никифоренко проверку деятельности "Славнефти" и выявило "факты злоупотребления служебным положением" вице-президентами компании Юрием Сухановым и Дмитрием Переваловым. Возбуждено дело по статье 201 УК РФ (злоупотребление положением), которое в июле того же года прекращено за отсутствием состава преступления. 19 октября 2003 года Счетная палата обнародовала итоги проверки эффективности управления госпакетом "Славнефти", шедшей с декабря 2002-го по июль 2003 года. Нарушений не было. 16 марта 2004 года управление Минприроды по Ханты-Мансийскому АО по итогам проверки деятельности "Славнефти" сообщило, что компания нарушает условия лицензионных соглашений на всех своих участках. Руководство НК пообещало устранить нарушения к концу года, а представители МПР — не отзывать лицензии.
Осенью и зимой 2001 года ФСНП по итогам проверки возбудила ряд уголовных дел против связанных с "Татнефтью" трейдеров по факту уклонения от уплаты налогов. В начале 2004 года аудитор Ernst & Young объявил, что в ходе проверки финансовой отчетности "Татнефти" за 2003 год выявлены "некоторые необычные сделки, природа и цель которых не ясны". В этой связи аудитор отказался заверить отчетность "Татнефти" по стандартам US GAAP. Разбирательство продолжается до настоящего времени.
6 сентября 2004 года Счетная палата объявила, что в ходе проверки ТНК в июне--августе 2004 года выявлена новая схема минимизации налогообложения — через региональные субвенции и трансфертное налогообложение, но нарушений действующего законодательства, по мнению экспертов СП, допущено не было.