В декабре 1998 года власти Литвы выдворили из страны помощника военного атташе РФ Валерия Кабалина, обвинив его в попытке завербовать офицера контрразведки Литвы. О высылке литовских дипломатов из Москвы не сообщалось.
30 августа 2000 года власти Эстонии выдворили из страны двух сотрудников посольства РФ в Таллине Юрия Яценко и Владимира Телегина. В ответ Россия выслала из Москвы первого и третьего секретарей посольства Эстонии.20 февраля 2004 года власти Литвы выслали из страны трех российских дипломатов — двух сотрудников посольства РФ в Вильнюсе и работника российского торгпредства. Департамент госбезопасности Литвы обвинил дипломатов в сборе экономической, политической и военной информации с использованием "разведывательных средств и методов". Глава МИД Литвы Антанас Валенис также заявил, что дипломаты пытались влиять на приватизацию и вмешаться в процесс импичмента президента Роландаса Паксаса. МИД России заявил, что оставляет за собой право на адекватный ответ.