Намерение лишить предприятия оборонного комплекса прибыли от экспортных контрактов. Илья Клебанов предлагал проводить внутренние тендеры среди производителей вооружений на право стать головным исполнителем экспортных заказов. Разницу между стоимостью контрактов и ценой завода-изготовителя он предлагал направить на финансирование программы вооружений. Руководители оборонных предприятий-экспортеров обвинили господина Клебанова в стремлении лишить их основного источника доходов и заявили о незаконности требований чиновника: согласно законодательству, головной исполнитель должен получать всю сумму контракта, за исключением комиссионных госпосредника в лице "Рособоронэкспорта". Первый же опыт проведения внутреннего тендера привел к скандалу: несмотря на то что еще в 2001 году Агентство по судостроению назначило исполнителем контракта по строительству двух эсминцев по заказу Китая санкт-петербургскую "Северную верфь", правительственная комиссия в начале 2001 года рекомендовала передать контракт другому питерскому предприятию — Балтийскому заводу, поскольку тот запросил за выполнение заказа на $80 млн меньше, чем "Северная верфь". В итоге Михаил Касьянов назначил головным исполнителем контракта "Северную верфь". С тех пор попыток определить исполнителя в ходе внутреннего тендера не предпринималось.
Чрезмерный протекционизм в сфере автомобилестроения. Илья Клебанов настаивал на резком повышении пошлин на ввоз автомобилей, в том числе подержанных. По его мнению, это способствовало бы развитию отечественной автомобильной отрасли. Михаил Касьянов был категорическим противником резкого повышения пошлин — он опасался негативных социальных последствий этого шага, связанных с ростом цен на автомобили, в том числе отечественные. Господину Клебанову удалось добиться повышения пошлин, однако для этого был избран более мягкий путь: пошлины повышались постепенно и в меньших объемах, чем предлагал министр.Намерение пересмотреть итоги приватизации. Илья Клебанов заявлял, что приватизация в промышленности (и прежде всего оборонной) прошла без учета стоимости интеллектуальной собственности, которая создавалась за счет государства и автоматически перешла в распоряжение частных владельцев предприятий. По мнению чиновника, учет интеллектуальной собственности мог бы привести к резкому увеличению доли государства в уставном капитале таких предприятий. Практическая реализация этой идеи пока не началась.