7 июня 1992 года на новых выборах при поддержке 59,4% избирателей победил руководитель Народного фронта Азербайджана Абульфаз Эльчибей. Второе место с 27,5% голосов занял кандидат от Демократического союза интеллигенции Низами Сулейманов. Явка составила 76%. 18 июня 1993 года, спасаясь от военного мятежа, Абульфаз Эльчибей бежал из Баку. Власть перешла к спикеру парламента Гейдару Алиеву, с 1969 по 1982 год руководившему Азербайджанской ССР в качестве первого секретаря ЦК КПА. 28 августа 1993 года на референдум о доверии господину Эльчибею пришли 92% имеющих право голоса граждан страны. За его отставку высказались 97,5%.
3 октября 1993 года президентом с результатом 98% голосов избран Гейдар Алиев. Избирательные участки посетили 97% граждан республики с правом голоса. На высший пост в стране претендовали также лидер партии "Гуммет" Закир Тагиев и глава партии "Единый Азербайджан" Керрар Абилов.11 октября 1998 года Гейдар Алиев переизбран главой государства 76,1% голосов избирателей. Занявший второе место лидер Партии национальной независимости Азербайджана Этибар Мамедов набрал 11,6% голосов. Избирательные участки посетили 75% азербайджанцев, имеющих право голоса.