В 1987 году Гарсон возглавил расследование против тайной организации Grupos Antiterroristas de Liberacion, действовавшей под контролем властей и занимавшейся ликвидацией сторонников баскской группировки ЭТА. Результатом стала отставка правительства Испании, арест министра внутренних дел и десятка других правительственных чиновников.
В 1990-х судья Гарсон расследовал убийства испанских граждан, совершенные в Чили в годы правления Аугусто Пиночета. В октябре 1998 года он инициировал арест экс-диктатора в лондонской клинике и потребовал его выдачи Испании. Генерал провел под домашним арестом 16 месяцев, после чего британский суд прекратил дело по состоянию его здоровья.
В 1997 году Гарсон начал расследование в отношении политика и бизнесмена Сильвио Берлускони, подозреваемого в финансовых махинациях с частной телекомпанией Tele 5. Дело застопорилось, поскольку господин Берлускони обладал мандатами итальянского и европейского парламентов, а затем стал премьер-министром.
В 2001 году судья вел дознание по делу об экстрадиции Владимира Гусинского, арестованного в Испании по обвинению в мошенничестве. Он перевел медиамагната из тюрьмы под домашний арест. Впоследствии суд Мадрида отказал в выдаче господина Гусинского.
В октябре 2007 года судья Гарсон направил в прокуратуру Мюнхена запрос о проверке полуфинального матча Кубка UEFA, в котором санкт-петербургский «Зенит» обыграл «Баварию». Правоохранительные органы Испании считали, что победа россиян была организована «авторитетами» малышевской группировки. Прокуратура Мюнхена не стала возбуждать дело.
В октябре 2008 года в ходе расследования Гарсоном дела в отношении российской организованной преступности обыск прошел на испанской вилле депутата Госдумы РФ Владислава Резника. Соратники депутата расценили обыск как акцию, носящую «политический характер».
В феврале 2012 года Верховный суд Испании вынес вердикт по делу о незаконном прослушивании телефонных переговоров, запретив Бальтасару Гарсону до 1 мая 2021 года заниматься профессиональной деятельностью.