9 мая 2012 года близ Джакарты (Индонезия) в ходе демонстрационного полета врезался в склон горы предсерийный экземпляр SSJ 100, принадлежавший компании «Гражданские самолеты Сухого». Погибли все находившиеся на борту 45 человек. Причиной катастрофы была признана ошибка пилотирования.
11 апреля 2013 года на SSJ 100 «Аэрофлота» после вылета из Дрездена в Москву сработала сигнализация падения давления в кабине. Самолет совершил посадку в аэропорту Дрездена. Осмотр показал, что по ошибке наземного персонала был не до конца закрыт декомпрессионный клапан грузовой двери одного из грузовых отсеков.
21 июля 2013 года в аэропорту Кефлавик (Рейкьявик, Исландия) в ходе сертификационных испытаний предсерийный экземпляр SSJ 100 приземлился с убранным шасси. На борту находились пять человек, один получил травмы. У самолета был поврежден правый двигатель. После ремонта он продолжил полеты.
13 июня 2015 года SSJ 100 «Аэрофлота», летевший из Москвы в Дрезден, был вынужден возвратиться в аэропорт вылета из-за отрыва панели обшивки пилона левого двигателя. Самолет благополучно приземлился в Шереметьево, никто не пострадал.
13 февраля 2014 года SSJ 100 «Аэрофлота», летевший по маршруту Москва—Одесса, вскоре после взлета был вынужден вернуться в аэропорт вылета. При взлете у самолета оторвался капот левого двигателя. В результате срыва были повреждены пилон двигателя, предкрылок левой плоскости крыла и обшивка фюзеляжа по левому борту. Расследование показало, что в ходе наземного обслуживания авиатехник не закрыл капоты вентилятора двигателя.
10 октября 2018 года SSJ 100 авиакомпании «Якутия», летевший из Улан-Удэ в Якутск, после приземления в аэропорту назначения выкатился за пределы взлетно-посадочной полосы. Самолет получил повреждения стоек шасси, люди не пострадали. Причиной инцидента называлось обледенение полосы.
13 марта 2019 года SSJ 100, выполнявший рейс «Аэрофлота» из Москвы в Салоники, вернулся в Шереметьево из-за треснувшего лобового стекла.