В июле 1997 года Генпрокуратура начала расследование хищения $231 млн, выделенных из бюджета на производство самолетов МиГ-29. Свидетелем проходил бывший заместитель министра финансов Андрей Вавилов. К 2000 году дело развалилось, не дойдя до суда, но в 2006 году Генпрокуратура его возобновила. В 2007 году Верховный суд нашел в действиях экс-чиновника признаки мошенничества и злоупотребления полномочиями, но в июле 2008 года дело против Андрея Вавилова, ставшего к тому времени сенатором, прекратили за истечением срока давности.
Дело против министра путей сообщения Николая Аксененко было возбуждено в 2001 году после проверки Счетной палаты. Выяснилось, в частности, что руководство министерства на средства от инвестпрограммы приобретало квартиры за $400–800 тыс. В 2002 году министр ушел в отставку, ему было предъявлено обвинение в превышении полномочий и растрате в крупном размере. В октябре 2003 года дело было передано в суд, до которого Николай Аксененко не дожил, скончавшись в 2005 году от рака.
В мае 2005 года в Швейцарии по запросу из США был арестован экс-глава Минатома России Евгений Адамов. В декабре он был экстрадирован в РФ, где его обвинили в мошенничестве и превышении полномочий. По данным следствия, в 1998–1999 годах экс-министр и его сообщники завладели 62% акций российско-американского СП по торговле ураном GNSS и помогли незаконному списанию $113 млн долга этого СП перед «Техснабэкспортом». В 2008 году суд приговорил Евгения Адамова к пяти с половиной годам тюрьмы, позже срок был заменен на условный.
15 ноября 2007 года был задержан заместитель министра финансов РФ Сергей Сторчак. По версии следствия, при реструктуризации долга Алжира РФ Сергей Сторчак, курировавший этот вопрос в Минфине, завысил на $43,4 млн сумму, которая должна была быть выплачена «Содэксиму» (эта компания в 2006 году выкупила часть алжирского долга) через Межрегиональный инвестиционный банк. 1 октября 2008 года, пробыв под стражей 11 месяцев, Сергей Сторчак был освобожден под подписку о невыезде. 31 января 2011 года его уголовное преследование прекращено «за отсутствием события преступления». Пост в министерстве Сергей Сторчак сохранил.
В октябре 2012 года с обысков в подконтрольном Минобороны ОАО «Оборонсервис» началось расследование многочисленных фактов мошенничества при реализации военного имущества. 6 ноября скандал привел к отставке главы Минобороны Анатолия Сердюкова. Установленный ущерб по делу превысил 5 млрд руб. Одним из основных фигурантов дела являлась экс-глава департамента имущественных отношений Минобороны Евгения Васильева. Анатолий Сердюков проходил по делу свидетелем, а 6 декабря 2013 года ему было предъявлено обвинение в халатности, но его уголовное преследование было прекращено по амнистии.
15 марта 2016 года сотрудниками ФСБ был задержан заместитель министра культуры РФ Григорий Пирумов. Его обвиняли в хищении средств, выделенных из бюджета на реставрацию объектов культурного наследия, в частности Изборской крепости (Псковская область). В октябре 2017 года господина Пирумова осудили на полтора года и освободили в зале суда, но в январе 2019 года приговор ужесточили до трех лет лишения свободы.
14 ноября 2016 года министр экономического развития РФ Алексей Улюкаев был задержан при получении взятки в $2 млн. В декабре 2017 года суд признал его виновным в получении и вымогательстве взятки за то, что его ведомство одобрило выкуп компанией «Роснефть» государственного пакета акций «Башнефти». Бывший министр был приговорен к восьми годам колонии и штрафу в 130 млн руб.