Федеральный орган исполнительной власти в ведении Минтранса РФ, осуществляющий функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом, правоприменительные функции в сфере морского и речного транспорта, в том числе в отношении морских рыбных портов в целях развития транспортного комплекса.
Приоритетные направления деятельности — развитие инфраструктуры водного транспорта, обеспечение его доступности, объема и конкурентоспособности для грузовладельцев, интеграция в мировое транспортное пространство, реализация транзитного потенциала России, повышение безопасности мореплавания и судоходства.
В центральном аппарате Росморречфлота работает 179 человек, в 42 подведомственных организациях — 51 613 человек. В ведении Росморречфлота, в частности, ФГУП «Росморпорт», ФКУ «Речводпуть», ФГКУ «Администрация Северного морского пути», пять отраслевых университетов. Объем бюджетного финансирования агентства в 2016 году — 52,4 млрд руб. Руководитель Росморречфлота — замминистра транспорта РФ Виктор Олерский.