Родился 4 октября 1965 года в Новороссийске. В 1987 году окончил технический факультет Высшей школы КГБ (ныне — Институт криптографии, связи и информатики при Академии ФСБ). До 1991 года работал в одном из НИИ Минобороны, где изучал компьютерные вирусы. В 1989 году создал свою первую антивирусную программу. В 1991–1997 годах в НТЦ КАМИ занимался разработкой программы Antiviral Toolkit Pro. В 1997 году вместе с коллегами из КАМИ создал «Лабораторию Касперского», в которой с 2007 года занимает пост гендиректора. В 2009–2011 годах — член Общественной палаты РФ. В 2009 году получил Госпремию в области науки и технологий. С августа 2010 года — член консультативного научного совета инновационного центра «Сколково».
В 2017 году журнал Forbes оценил состояние господина Касперского в $1300 млн (70-е место в России).