Две крупнейшие народности Южного Судана — динка (около 35% населения страны) и нуэр (около 16%) враждуют со времен Англо-Египетского Судана (1899-1956 годы). В колониальный период нуэр, в отличие от динка, поддерживали британцев. Племена продолжали конфликтовать во время двух гражданских войн в Судане во второй половине XX века.
9 июля 2011 года Южный Судан был провозглашен самостоятельным государством по итогам референдума, в ходе которого 98,8% избирателей проголосовали за независимость. Президентом страны был избран представитель динка Салва Киир, вице-президентом — Риек Мачар из народности нуэр.
В июле 2013 года господин Мачар был уволен после заявлений о своих президентских амбициях. Вместе с ним должностей в правительстве лишилось большинство представителей нуэр. В декабре того же года власти обвинили бывшего вице-президента в попытке госпереворота, в Южном Судане начались межэтнические столкновения. До конца декабря число жертв конфликта превысило тысячу человек.
В январе 2014 года власти подписали с оппозицией, возглавляемой господином Мачаром, первое соглашение о перемирии, однако боестолкновения продолжились. Оппозиционеры захватили ряд территорий на северо-востоке и в центральной части страны.
В августе 2015 года с помощью международных посредников было подписано новое соглашение о прекращении огня и создании правительства национального единства. В апреле 2016 года господин Мачар вернулся в столицу Джубу и вновь принял присягу вице-президента, однако уже в июле вновь лишился своего поста. С тех пор военные действия в стране продолжаются.
По разным оценкам представителей международных организаций, с декабря 2013 года число погибших за время конфликта может составлять от 50 тыс. до 300 тыс. человек. По данным ООН, число беженцев достигло 3,5 млн человек при населении страны 12,4 млн человек.