Основано в 1997 году на базе журнала "Эксперт", созданного выходцами из "Ъ" Андреем Шмаровым, Олегом Ходенковым и Дмитрием Гришанковым (возглавил агентство в 1999 году). В сентябре 2010 года агентство было аккредитовано при Минфине. В 2014 году начался конфликт между акционерами холдинга "Эксперт", закончившийся размежеванием агентства и медиаструктур холдинга, возглавляемых Валерием Фадеевым. В декабре 2015 года долю медиахолдинга в рейтинговом агентстве (24,5%) выкупил владелец UC Rusal Олег Дерипаска. На тот момент 49,5% акций агентства владели структуры ВЭБа, еще 26% принадлежали Дмитрию Гришанкову. В феврале 2016 года гендиректором агентства стал Сергей Тищенко, Дмитрий Гришанков занял пост президента. В июле 2016 завершилась допэмиссия акций агентства, в результате чего изменился состав акционеров компании. В феврале 2017 года совет директоров в качестве независимого директора возглавил президент Всероссийского союза страховщиков Игорь Юргенс. В декабре 2016 года "Эксперт РА" вошло в реестр аккредитованных ЦБ рейтинговых агентств, рейтинги которых могут применяться в целях регулирования. На текущий момент у "Эксперт РА" более 600 действующих рейтингов.