В 2000 году ВККС по представлению губернатора Приморья Евгения Наздратенко уволила председателя Приморского арбитражного суда Татьяну Локтионову за нарушения кодекса чести судьи — «внеслужебные отношения» с руководителями АООТ «Саха-Находка», чей иск рассматривался в этом суде, и турпоездку за счет другой фирмы в Гонконг. До этого губернатор публично обвинял госпожу Локтионову в проведении политики огульного банкротства важнейших предприятий региона и называл чуть ли не главным виновником экономического кризиса, а судья заявляла, что «не позволяла представителям администрации диктовать свои условия при рассмотрении дел о банкротстве». За председателя суда вступились председатель ВАС Вениамин Яковлев и обратившийся к Владимиру Путину коллектив суда, утверждавший, что губернатор «дискредитирует судебную власть», но ВККС поддержала губернатора.
В 2004 году ВККС по представлению главы ВАС Вениамина Яковлева прекратила полномочия председателя арбитражного суда Калмыкии Николая Манжеева (руководил судом 12 лет) «за развал работы в суде». Поводом для проверки его деятельности стало незаконное вмешательство арбитражного суда Калмыкии в конфликт акционеров Находкинского рыбного порта. Господин Манжеев просил ВККС уволить его по собственному желанию с сохранением судейского стажа и положенных льгот. Однако получил отставку именно за то, что опорочил звание судьи. Его первый заместитель Герман Сангаев был также лишен судейских полномочий «за халатность и плохую организацию деятельности суда».
В 2006 году ВККС по представлению главы ВАС Антона Иванова отправила в отставку по порочащим основаниям председателя Костромского арбитражного суда Надежду Громову (руководила судом 8 лет) за то, что она вела слежку за подчиненными судьями с помощью видео- и аудиоаппаратуры. Госпожа Громова настаивала, что таким образом предотвращала коррупцию в судейских рядах. Верховный суд подтвердил, что «ее дисциплинарный проступок несовместим с высоким статусом судьи».
В 2009 году ВККС по представлению главы ВАС Антона Иванова лишила судейских полномочий «за действия, умаляющие авторитет судебной власти и причиняющие ущерб репутации судьи» (квартирный обмен с помощью правительства Москвы) председателя арбитражного суда Московского округа Людмилу Майкову, возглавлявшую суд с 1995 года. За полгода до решения о досрочной отставке ВККС отказалась приостановить председательские полномочия госпожи Майковой, отложив вопрос о ее привлечении к дисциплинарной ответственности на неопределенный срок. Верховный суд признал увольнение судьи законным.