Первые российские особые экономические зоны (ОЭЗ), первоначально называвшиеся зонами свободного предпринимательства и свободными экономическими зонами (СЭЗ), возникли еще в РСФСР.
В 1990-1991 годах были учреждены региональные СЭЗ "Находка" (Приморский край), "Даурия" (Читинская область), "Янтарь" (Калининградская область), "Садко" (Новгородская область) и другие, всего более десяти. Большинство из проектов СЭЗ в условиях экономического кризиса не получили необходимого финансирования и остались на бумаге.
С 1992 года начала формироваться система ОЭЗ федерального уровня, включавшая внешнеторговые ("Шерризон" у аэропорта Шереметьево) и свободные таможенные зоны ("Московский Франко-Порт" у аэропорта Внуково). Параллельно в регионах в форме ОЭЗ создавались низконалоговые территории, игравшие роль внутренних офшоров. Самыми известными из них в связи с массовыми злоупотреблениями стали зона экономического благоприятствования "Ингушетия" и зона льготного налогообложения в Калмыкии.
До начала 2000-х годов различные виды ОЭЗ действовали примерно на трети территории РФ. Несовершенство законодательной базы активно использовалось для незаконной налоговой оптимизации и финансовых махинаций. В частности, ущерб от предоставления налоговых льгот в действовавшем до 2001 года офшоре в ЗАТО "Байконур" оценивался в 22 млрд руб. (0,2% ВВП на тот момент).
22 июля 2005 года был принят закон "Об особых экономических зонах", который упразднил все ранее существовавшие ОЭЗ, за исключением Калининградской (создана в 1996 году) и Магаданской (1999), и упорядочил принципы их создания и функционирования. В частности, закон с последующими поправками определил четыре типа ОЭЗ, а также перечень преференций и требований к резидентам каждой из них. Инициативу создания ОЭЗ передали на местный уровень, решение об удовлетворении заявок на конкурсной основе принимало правительство РФ.
В настоящее время в России действует 29 специализированных ОЭЗ: 14 туристско-рекреационных, семь промышленно-производственных, пять технико-внедренческих и три портовых. Зоны в Калининградской и Магаданской областях работают на основании отдельных законов, срок их функционирования — до 1 апреля 2031 года и 31 декабря 2014 года соответственно. Созданное в 2006 году государственное ОАО "Особые экономические зоны" управляет 17 ОЭЗ, туристско-рекреационные зоны северокавказского кластера находятся в ведении ОАО "Курорты Северного Кавказа".
По данным ОАО ОЭЗ, с 2006 по 2012 год резидентами российских экономических зон стали 340 иностранных инвесторов из 23 стран, общий заявленный объем инвестиций — 400 млрд руб. При этом объем государственных вложений в развитие ОЭЗ за тот же период, согласно аудиту Счетной палаты, составил 122 млрд руб. Общий объем налоговых льгот и таможенных преференций превысил 6,5 млрд руб., бюджет в виде налоговых поступлений получил 8 млрд руб. Экономическая эффективность деятельности ОЭЗ оценивается в 80 копеек на вложенный рубль в основном благодаря двум зонам — в Татарстане ("Алабуга") и Липецкой области ("Липецк").