Иван Сергеевич Беседин родился 13 февраля 1954 года в Баку. В 1976 году окончил Московский институт инженеров железнодорожного транспорта (МИИТ) по специальности «инженер-электрик».
С 1976 года работал в МИИТе младшим научным сотрудником, старшим инженером, аспирантом, старшим научным сотрудником. С 1985 года работал в центральном аппарате Министерства путей сообщения СССР и РФ: прошел путь от главного эксперта отдела до первого заместителя министра. В мае 1999 года назначен первым заместителем начальника Московской железной дороги. В 2000–2001 годах — зампред комитета Организации сотрудничества железных дорог (Варшава, Польша). В апреле 2002 года назначен статс-секретарем—заместителем председателя Федеральной энергетической комиссии РФ. Входил в состав комиссии правительства РФ по структурной реформе железнодорожного транспорта. С сентября 2003 года — директор Всероссийского научно-исследовательского института железнодорожного транспорта. В сентябре 2006 года стал начальником Калининградской железной дороги. 7 февраля 2011 года был назначен начальником Московского метрополитена. При господине Беседине в мае 2012 года была принята программа по строительству метро до 2020 года, в соответствии с которой в городе планируется открыть 79 новых станций. В 2011–2014 годах были открыты 11 новых станций.
Кандидат технических наук (тема диссертации — «Технологические и экономические основы формирования парка погрузочно-разгрузочных машин на грузовых станциях»). Награжден орденом Дружбы, медалью «За развитие железных дорог».