Правозащитный центр "Мемориал", от которого прокуратура Москвы требовала зарегистрироваться в качестве иностранного агента, в августе 2013 года получил президентский грант на 1,4 млн руб. на ежеквартальные бюллетени "Обстановка на Северном Кавказе: взгляд правозащитников", а в декабре — 5 млн руб. на бесплатные консультации беженцам и мигрантам.
Правозащитной организации "Агора" государство дало 1,28 млн руб. на защиту пострадавших от неправомерных действий должностных лиц и 2,4 млн руб.— на обучение юристов по делам о нарушении прав человека. При этом НКО получала представление прокуратуры Татарстана о нарушении закона об иностранных агентах.
Пермский центр "Грани", который в споре с прокуратурой отстоял в суде право не называться иностранным агентом, выиграл государственные гранты — 1,86 млн руб. на поддержку городских инициатив и 1,5 млн руб. на поддержку мигрантов.
Московская Хельсинкская группа отказалась от зарубежного финансирования после проверки прокуратуры. Государство выделило ей 3,5 млн руб. на "расширение возможностей граждан в участии в реформе полиции" и 3,3 млн руб.— на развитие системы общественного контроля.
Фонд "Общественный вердикт" получил президентский грант 2,6 млн руб. на "содействие обеспечению прав человека в реформе полиции". При этом генпрокурор Юрий Чайка подозревал фонд в получении денег от американского Национального фонда демократии.
Движению "За права человека" Льва Пономарева, подвергавшемуся проверке Минюста и прокуратуры, государством выделено 5 млн руб. на проект "Гражданский омбудсмен" и 3,9 млн руб.— на "правоинкубатор для правозащитников".