3 января 1994 года через 12 минут после взлета недалеко от Иркутска потерпел катастрофу пассажирский самолет Ту-154, авиакомпании "Байкал-авиа". Погибло более 120 человек.
23 марта 1994 года аэробус А-310 авиакомпании "Аэрофлот" потерпел катастрофу в тайге под Новокузнецком. 70 человек погибло. Расследование причин аварии продолжается до сих пор.
5 августа 1994 года при заходе на посадку недалеко от границы с Китаем потерпел катастрофу военно-транспортный самолет Ан-12. 47 человек погибло. Расследование показало, что пилот не заметил на пути следования сопку, и самолет задел ее крылом.
26 сентября 1994 года недалеко от населенного пункта Ванавара (Красноярский край) рухнул самолет Як-40. 28 человек погибло.
6 декабря 1995 года потерпел аварию лайнер Ту-154, вылетевший из Южно-Сахалинска в Хабаровск. Погибло 88 пассажиров и восемь членов экипажа. Причина аварии окончательно не установлена.
5 апреля 1996 года при подлете к аэродрому Елизово на Камчатке разбился транспортный самолет Ил-76. Погибло около 20 человек. По мнению специалистов, в случившемся виноваты члены экипажа самолета и сотрудники наземных служб.
19 августа 1996 года в белградском аэропорту "Сурчин" при заходе на аварийную посадку разбился российский транспортный самолет Ил-76М екатеринбургской авиафирмы "Спаэр". Погибло 12 человек. По предварительным данным, катастрофа произошла из-за того, что отказало все электрооборудование самолета.