С октября 1999 года, после начала контртеррористической операции в Чечне, в расположенное у границы Панкисское ущелье Грузии, где проживало около 5 тыс. чеченцев-кистинцев, прибыли еще не менее 7 тыс. чеченских беженцев.
Летом 2000 года в России впервые заговорили о наличии в ущелье боевиков, среди которых упоминался Руслан Гелаев с отрядом в 200-250 человек. В декабре Грузия "в связи с обострением обстановки" ввела в район два батальона внутренних войск. Летом 2001 года силовые структуры Грузии переправили Гелаева в Кодорское ущелье в Абхазии, надеясь тем самым переложить проблему на абхазскую сторону. Однако в ноябре полевой командир вернулся обратно.
В 2002 году из-за участившихся случаев похищения людей в ущелье вновь вошли части внутренних войск Грузии. Тогда же США сообщили о планах направить своих военных для борьбы с террористами в ущелье. Летом того же года вблизи Панкиси проводились учения грузинской армии, в которых участвовали 1,5 тыс. человек. В июле боевики из ущелья попытались проникнуть на территорию России, опасаясь грузинской антитеррористической операции. МИД РФ обвинил Грузию в пособничестве терроризму. Тбилиси ответил заявлениями о бомбардировках ущелья самолетами ВВС России.
В августе 2002 года Грузия провела военную операцию, после которой президент страны Эдуард Шеварднадзе заявил, что террористов в ущелье больше нет. По некоторым данным, из ущелья было вытеснено до 800 чеченских боевиков и до 100 арабских наемников. В январе 2003 года Министерство госбезопасности Грузии опубликовало данные о существовавших в ущелье учебных базах боевиков, связанных с "Аль-Каидой".
Одновременно руководство Чечни пыталось организовать возвращение беженцев на родину. Однако большинство из них предпочли дальнейшую эмиграцию в Европу или в соседние с Грузией страны — Азербайджан и Турцию.