Наиболее острым территориальным конфликтом двух стран является спор о принадлежности архипелага Сенкаку (китайское название — Дяоюйдао), состоящего из пяти необитаемых островов и трех рифов общей площадью 6,27 кв. км. В КНР утверждают, что острова были открыты китайцами в 1371 году. Япония завладела архипелагом в 1895 году в ходе войны с Китайской империей, однако гоминьдановский Китай не признавал аннексии островов. В 1945-1971 годах острова вместе с Окинавой находились под юрисдикцией США, которые затем вернули административные права на них Японии. Весной 1978 года Пекин предложил Токио договор о мире, потребовав взамен возврата островов. Договор был подписан в августе 1978 года, но Японии удалось добиться от Китая обещания соблюдать статус-кво в вопросе об архипелаге. С тех пор националисты трех стран неоднократно отправляли к архипелагу активистов для напоминания о принадлежности Сенкаку. С 2004 года страны ведут бесплодные консультации по проблеме разведки и добычи газа на спорном шельфе. Серьезное обострение конфликта началось в сентябре 2012 года, когда в Китае прошла волна антияпонских выступлений из-за того, что правительство Японии договорилось о покупке у частных владельцев трех из пяти островов за $26,1 млн.
В июле 2012 года наметился еще один конфликт. Высокопоставленный китайский военный генерал-майор Цзинь Инань, возглавляющий Институт стратегических исследований, заявил, что Пекин должен поставить перед Токио вопрос о принадлежности всего архипелага Рюкю (группа островов, часть из которых вместе с Сенкаку входит в японскую префектуру Окинава).