Самой серьезной проблемой украинского правительства представляется возвращение ценностей, попавших с Украины в Россию вследствие второй мировой войны: из эвакуационных фондов экспонаты попадали в музеи России и больше не возвращались на Украину. Например, 20 образцов старинного холодного оружия из коллекции Кочубея, принадлежавшие Полтавскому музею, которые во время эвакуации экспонировались в Башкирском краеведческом музее в Уфе, так и остались там после войны. В Краснодарском музее ныне находится картина "Казак Мамай", принадлежавшая до войны Днепропетровскому историческому музею. Специалисты ГТГ, фонды которой хранились в Новосибирске в одном помещении с экспонатами Харьковской картинной галереи, отобрали картины Маковского "Базар в Москве" и Виллеваде "Казаки в Берлине" для реставрации и экспозиции. Эти произведения так и не возвратились в Харьков.
Советскому Союзу было передано 534 тыс. культурных объектов, вывезенных во время войны в Германию. 167 тыс. из них происходили из Киева. Согласно другим данным, как минимум 350 тыс. из числа переданных СССР предметов принадлежали Украине. Украинские специалисты утверждают, что значительная часть этих ценностей после возвращения в СССР не была передана на Украину, а осталась в российских хранилищах. Им, например, известно о пребывании в фондах ГТГ иконы Богородицы Ильинской Черниговской (начало XVI века), возвращенной в СССР из Дрездена в 1950 году.