Единая государственная автоматизированная информационная система (ЕГАИС) для учета производства и оборота алкогольной продукции была ведена в 2006 году: с 1 января — для производителей и импортеров, с 1 июля — для оптовых продавцов. Запуск сопровождался техническими сбоями и задержками с выдачей новых акцизных марок. Это привело к остановкам предприятий и дефициту спиртного в рознице. Убытки отрасли за первый год работы системы оценивались в $2,5 млрд, не считая затрат компаний на установку оборудования.
В 2007 году разработчик ЕГАИС — подведомственный ФСБ НТЦ "Атлас" был отстранен от работы над ней. Совершенствование системы поручили главному научно-исследовательскому вычислительному центру ФНС. Переход на новую версию был запланирован на конец того же года, но несколько раз переносился и произошел только в 2009 году. Расценки нового разработчика на обслуживание оказались в 1,5-2 раза выше предыдущих.
В 2008 году из-под действия ЕГАИС вывели оптовую торговлю, так как из-за невозможности серверов обрабатывать огромное количество трансакций система регулярно давала сбои.
В 2009 году власти открыто признали, что система не выполняет поставленных перед ней задач: не обеспечивает полный контроль уплаты акцизов и не способствует сокращению нелегального рынка. Для исправления ситуации предлагается включить в систему оптовое и розничное звенья, но пока это не сделано.
Этот негативный опыт стал одной из причин отклонения Госдумой в 2011 году законопроекта о введении похожей системы в семи других отраслях, среди которых были рынки лекарств, аудиовидеопродукции, стройматериалов и транспортных средств. Тем не менее в разработанном Минздравом антитабачном законе предусматривается введение ЕГАИС в сфере производства и оборота табачных изделий.