В 1996 году АО "Транснефть" приняло решение передать своим дочерним подразделениям безвозмездно 25% привилегированных акций для раздачи членам трудового коллектива. В том же году на конференции представителей трудовых коллективов АО "Магистральные нефтепроводы Центральной Сибири" были утверждены списки акционеров. При этом делегатов со списками не ознакомили. Руководство объяснило это необходимостью сохранения коммерческой тайны. У работников, получивших в среднем от 100 до 150 акций, на руках не было никаких документов, подтверждающих, что они являются собственниками акций.
В начале 1997 года в руководящих структурах "Транснефти" родилась идея консолидации привилегированных акций в руках самой "Транснефти". Была изобретена многоходовая программа консолидации. Необходимость передачи акций в собственность компании ее руководство объясняло желанием обеспечить защиту предприятия от скупки акций сторонними инвесторами. В частности, планировался прямой выкуп привилегированных акций у их держателей через дочернее АО.
В районных управлениях АО МНЦС были назначены ответственные за скупку акций. Любое производственное совещание начиналось с подведения итогов скупки и требований усилить работу с подчиненными. На подчиненных началось, по их словам, активное давление, вплоть до угрозы увольнения, если они не продадут свои акции. На стендах были вывешены специальные списки, в которых говорилось: если продашь свои акции до 1 марта 1997 года, то получишь за каждую акцию 240 тыс. руб. плюс премию 25 тыс., если продашь чуть позже — 240 тыс. руб. и премию 15 тыс. руб., а если после 1 мая, то только 240 тыс. (без премии). Цена одной привилегированной акции "Транснефти" была определена в 265 тыс. руб. В Томской области в результате прямого выкупа МНЦС удалось сконцентрировать в своих руках 87% от распределенного количества акций. Всего было скуплено 66 тыс. акций, за них выплачено около 18 млрд руб.