20 сентября 2011 года ЕСПЧ признал решения по налоговым проверкам ЮКОСа за 2000-2001 годы нарушившими Европейскую конвенцию, поскольку трехлетний срок на вынесение решения по проверке за 2000 год (доначислено 99,4 млрд руб.) был пропущен. Поэтому ЕСПЧ не согласился с правомерностью удвоения штрафов за 2001 год. Между тем КС 18 января 2005 года в отказном определении по жалобе ЮКОСа подтвердил, что нормы законодательства, устанавливающие трехлетний срок давности по ряду правонарушений для добросовестных налогоплательщиков, не могут быть распространены на недобросовестных, к которым был причислен ЮКОС.
21 января 2010 года КС (в постановлении о проверке ст. 311 и 312 Арбитражного процессуального кодекса) признал недопустимым придание обратной силы судебному толкованию нормы, данному высшим судом, если это ухудшает положение лица в его отношениях с государством. 24 мая 2010 года президиум ВАС подтвердил эту позицию в решении по делу ЗАО "Арктиксервис", установив, что его прецеденты не могут приводить к пересмотру решения судов в сторону ухудшения положения налогоплательщиков.
3 августа 2011 года КС воздержался от признания неконституционными положений бюджетного законодательства, позволяющих бессрочно взыскивать бюджетные займы, которым 26 ноября 2008 года была придана обратная сила. КС согласился с ВАС, что отсутствие сроков давности для таких исков влечет неоправданное ограничение имущественных прав получателей этих средств, но разрешил государству бессрочно взыскивать долги в случаях, когда трехлетний срок исковой давности не истек к 1 января 2007 года, когда впервые была введена эта норма.
9 ноября 2010 года по ходатайству Верховного суда КС разъяснил, что вынесенное им в 2009 году определение о том, что "в России с 16 апреля 1997 года смертная казнь применяться не может", не дает основания "придать обратную силу в отношении пересмотра приговоров, вынесенных до принятия постановления 1999 года" (о моратории на смертные приговоры).