В марте-апреле 2006 года возглавляемый Геннадием Онищенко Росприроднадзор ввел запрет на ввоз вин и коньяков из Молдавии и Грузии из-за повышенного содержания в них пестицидов и железа. Поставки молдавской продукции возобновились в 2007 году, но несколько раз прерывались.
С мая 2006 года действует запрет на ввоз грузинских минеральных вод "Боржоми" и "Набеглави" как не соответствующих санитарным нормам.
В ноябре 2006 года были запрещены реализация и импорт рыбных консервов ряда заводов Латвии. Ограничения сняли в начале 2007 года.
В июне 2009 года на фоне ухудшения отношений с Минском из-за несоответствия новому техрегламенту запрещен ввоз около 1,5 тыс. наименований молочной продукции из Белоруссии. Поставки возобновились через месяц.
1 января 2010 года Геннадий Онищенко запретил поставки американской курятины из-за использования производителями хлора при обработке мяса. Через полгода президенты двух стран договорились о возвращении курятины из США на российский рынок.
В апреле 2010 года Роспотребнадзор отказал в разрешении на поставку детского питания компании Nestle. В дальнейшем, уже после выполнения компанией всех предписаний, господин Онищенко продолжал обвинять ее в "грубых нарушениях".
В мае 2010 года Роспотребнадзор предписал прекратить реализацию партии фарфоровой посуды из Белоруссии, в которой выявил повышенное содержание кадмия и свинца.
2 июня 2011 года был введен запрет на поставку овощей из стран Евросоюза из-за вспышки кишечной инфекции (бактерия E.coli). Ограничения были полностью сняты к августу.