В октябре 1991-го господин Елагин вернулся на родину: указом президента он был назначен главой оренбургской обладминистрации — председатель облисполкома Александр Костенюк был отстранен от должности за поддержку ГКЧП.
Правда, фактически текущими делами занимался не бывший комсомольский вожак Елагин, а его первый заместитель Александр Зеленцов. Что, впрочем, не помешало господину Елагину в 1992 году возглавить наблюдательный совет АОЗТ "ОреНорд" (совместное предприятие с участием скандально известной австрийской компании Nordex, возглавляемой Григорием Лучанским). В нарушение законодательства администрация области предоставила "ОреНорду" статус наибольшего благоприятствования: АО получило исключительное право на экспорт 10% всего объема оренбургской нефти, нефтепродуктов и газа, при этом сырье закупалось по государственным регулируемым ценам. С помощью различных соглашений и договоров "ОреНорду" также было предоставлено право распоряжаться продукцией производственно-технического назначения из фондов областного ресурсного банка.
В 1995 году разразился новый скандал. Обладминистрация создала внебюджетный фонд, который возглавил господин Зеленцов. Проверки выявили нарушения в работе фонда. В СМИ описывались схемы хищения денег фонда с помощью разного рода кредитно-вексельных, долговых и кредитно-депозитных операций. 90% всех поступивших в фонд средств направлялось в возглавляемую господином Зеленцовым Оренбургскую медно-никелевой корпорацию и Новотроицк-банк (учредителем которого также был первый заместитель губернатора). Однако серьезных последствий все это не имело: губернатор Елагин стал одним из активистов движения "Наш дом — Россия".
В декабре 1995 года господину Елагину при поддержке земляка--премьера Черномырдина и крупнейших промышленных предприятий области (ОНАКО и НОСТА) удалось уверенно победить на губернаторских выборах: 59,8% против 22,5% у мэра Оренбурга коммуниста Геннадия Донковцева.
Еще через год в адрес администрации были выдвинуты новые обвинения. В конце 1996 года руководство области объявило о заключении контракта на поставку 40 импортных комбайнов по цене $143 тыс. за штуку (при рыночной цене $200 тыс.). Однако после перечисления предоплаты в размере 15% контракт "завис", а комбайны так и не поступили в регион.
В 1998 году Оренбургская область стала первым российским регионом, на который кредиторы подали в суд, требуя возврата денег (общая сумма полученных областью кредитов, по разным оценкам, составляла от 300 млн до 500 млн руб.). Первый иск — от банка "Глобэкс" — был подан еще до кризиса, в июне 1998 года. Осенью 1998 года объем непогашенных обязательств по региональным ценным бумагам Оренбургской области превысил 1 млрд руб.
Выборы 1999 года господин Елагин проиграл, хотя после первого тура опережал своего конкурента коммуниста Алексея Чернышева на 10%. Не помогло даже то, что за несколько недель до голосования он назначил своим советником по геополитике отставного премьера (и, как тогда считалось, популярного политика) Евгения Примакова.