28 июня 2003 года французский архитектор Доминик Перро выиграл конкурс на строительство в Петербурге второй сцены Мариинского театра. 22 декабря 2006 года стало известно, что Госэкспертиза выявила нарушения в проекте Доминика Перро. Контракт на проектирование с архитектором расторгли. Доработать проект поручили ЗАО "Геореконструкция-фундаментпроект". 7 мая 2008 года ФГУ "Северо-западная дирекция по строительству, реконструкции и реставрации" (СЗД; госзаказчик строительства) разорвало контракт с этим ЗАО без объяснения причин. 31 октября 2008 года Минкультуры заявило об отказе от строительства золотого купола театра, предусмотренного проектом Доминика Перро. По словам чиновников, в проекте купола, ранее утвержденном Госэкспертизой, нашли 400 ошибок.
В марте 2009 года Счетная палата сообщила, что завершение строительства второй сцены Мариинского театра более чем вдвое превысит утвержденную в 2007 году сметную стоимость в 9,5 млрд руб. 29 мая 2009 года премьер-министр Владимир Путин потребовал провести новый архитектурный конкурс и отдал контроль над расходами Сбербанку, глава которого Герман Греф одновременно возглавляет попечительский совет Мариинки-2. 15 июля 2009 года Минкультуры объявило новый конкурс, победителем которого 28 июля стало конструкторское бюро высотных и подземных сооружений (КБ ВИПС) в соавторстве с канадским архитектурным бюро Diamond & Schmitt Architects. В ходе строительства субподрядчики были втянуты в ряд скандалов. В частности, летом 2009 года Росфиннадзор обвинил СЗД в неэффективном использовании 835 млн руб. из-за за некачественного строительства котлована. Однако СЗД оспорила эти претензии в суде.