ОАО "Иркутскэнерго" — одна из двух региональных энергокомпаний, в которых РАО "ЕЭС России" не принадлежит ни одной акции (вторая — госпредприятие "Татэнерго"). Это произошло потому, что "Иркутскэнерго" было акционировано до выхода президентского указа 1992 года о создании "ЕЭС России" — "национальной энергокомпании с функциями уполномоченного государством оператора оптового рынка электроэнергии". К тому моменту у "Иркутскэнерго" было 3 крупных ГЭС — Иркутская, Братская и Усть-Илимская. Они тоже оказались недосягаемыми для РАО — тогдашний губернатор области Юрий Ножиков внес в федеративный договор пункт о необходимости согласовывать с администрацией любые изменения статуса энергообъектов.
Сейчас 20% акций "Иркутскэнерго" принадлежат РФФИ, еще 20% находятся в доверительном управлении у АО "Центральная компания Восточно-Сибирской ФПГ" (аффилированной структуры администрации Иркутской области). 26% акций принадлежат иностранным инвесторам (на ADR приходится 11,6% капитала), 26,7% — российским (в частности, БРАЗу — 10,9%), 5,5% — трудовому коллективу, 1,8% — физическим лицам. В 1999 году "Иркутскэнерго" выработало 53 млрд кВт•ч электроэнергии.