Слухи о возможном уходе Сергея Богданчикова из "Роснефти" каждый раз активизировались после очередных кадровых перестановок в компании. Впервые о его отставке заговорили после того, как в начале 2007 года, когда компания готовилась к покупке активов ЮКОСа, ее покинули сразу четыре вице-президента. Слухи об отставке президента "Роснефти" возникали после ухода в 2008 году вице-президента компании Сергея Кудряшова, после того как в 2009 году на собрании акционеров "Роснефти" были внесены поправки в устав, согласно которым решение о назначении президента принимается не акционерами, а советом директоров, а также после ухода из компании в январе 2010 года сына Сергея Богданчикова Алексея, который курировал работу управления стратегического анализа.