8 декабря 2005 года следователи Генпрокуратуры при поддержке спецназа провели обыск и выемки документов в московском банке "Нефтяной", владельцем и председателем совета директоров которого являлся Игорь Линшиц. На следующий день ведомство сообщило об обнаружении доказательств отмывания руководством банка через подставные фирмы "многомиллиардных сумм". 19 декабря 2005 года пост члена совета директоров банка покинул бывший сопредседатель СПС Борис Немцов. Свой шаг он объяснил "необходимостью исключить всякие политические риски в бизнесе своего друга Игоря Линшица".
27 января 2006 года Генпрокуратура объявила господина Линшица в розыск. Обвинение было предъявлено по двум статьям УК РФ: 172-й ("Незаконная банковская деятельность") и 174-й ("Легализация денежных средств, полученных преступным путем"). Тогда же стало известно, что господин Линшиц покинул Россию. 1 февраля Басманный суд Москвы арестовал главного бухгалтера банка Наталию Фролову и начальника отдела векселей Веру Гаврилову, предъявив им аналогичные обвинения. 1 марта тот же суд выдал санкцию на арест Игоря Линшица. 12 апреля арестованы бывшие топ-менеджеры банка Станислав Прасолов и Андрей Салимов.
4 мая 2006 года ЦБ лишил банк лицензии за нарушение закона "О противодействии легализации (отмыванию) доходов".
13 августа 2007 года Генпрокуратура объявила о завершении расследования. К тому времени прибавилось еще двое обвиняемых — председатель правления банка Яна Макарова и ее заместитель Марина Борисова. Следствие вменило им отмывание около 12,5 млрд руб. 1 ноября 2008 года Таганский суд Москвы приговорил фигурантов к срокам от трех с половиной до пяти лет.