В сентябре 2007 года власти Таджикистана расторгли соглашение с ОК "Русал" о достройке Рогунской ГЭС. Компанию обвинили в отстаивании интересов Узбекистана из-за нежелания строить плотину высотой 325 м, что позволило бы контролировать водные ресурсы региона. Позже Москва выражала желание вернуться в проект, но условия Душанбе ее не устроили.
В марте 2009 года Таджикистан прекратил вещание на своей территории телеканала "РТР-Планета", заявив о долге ВГТРК за 2008 год в размере $7 млн. Эта сумма была выплачена, но вещание не возобновилось, так как Душанбе повысил тарифы на ретрансляцию на 50%.
В июле 2009 года стало известно, что таджикские власти требуют от России платить за арендуемые 201-й военной базой недвижимость и землю по $307 млн в год. При этом, согласно двустороннему договору, до 2014 года платы за базу не предусмотрено. В октябре, накануне визита президента Таджикистана Эмомали Рахмона в Москву, претензии были сняты.
Также летом 2009 года таджикская сторона отказывалась подписать акт о госприемке достроенной российскими компаниями Сангтудинской ГЭС-1. Без него Москва не могла требовать от Душанбе оплаты его доли в проекте и повысить тарифы ГЭС до рыночных. В итоге 31 июля документ был подписан, но госкомпания "Барки Точик" вскоре не смогла платить за полученную энергию, что привело к задолженности в $30 млн.
20 октября 2009 года в Душанбе Эмомали Рахмон на встрече с министром энергетики России Сергеем Шматко раскритиковал работу "Газпрома" в стране. По сообщению пресс-службы главы Таджикистана, недовольство было вызвано тем, что "из четырех газовых месторождений, которые были переданы компании "Газпром", только на одном месторождении начались работы".