9 августа 2002 года Федеральная комиссия по рынку ценных бумаг аннулировала лицензию "Энергорегистратора", который незаконно создал второй реестр акционеров Котласского ЦБК. Благодаря этому реестру Ilim Pulp Enterprise смог оспорить продажу Российским фондом федерального имущества "Базэлу" акций ЦБК. Окончательно законность сделки между РФФИ и "Базэлом" подтверждена в августе 2003 года Высшим арбитражным судом.
19 сентября 2002 года АФК "Система" обвинила реестродержателя зеленоградского компьютерного завода "Квант" ЗАО "Единый регистратор" в незаконном созыве годового собрания акционеров. На этом собрании контроль над заводом получило ЗАО "Информационная внедренческая компания". В декабре АФК "Система" смогла через Дядьковский городской суд Брянской области вернуть реестр под свой контроль.
В июле 2006 года в разгар конфликта акционеров ОАО "Московский НПЗ" по решению совета директоров реестродержателем вместо "Регистратора Р.О.С.Т." стало ОАО "Реестр-Центр", близкое к мажоритарному акционеру Московской нефтегазовой компании. Миноритарий "Газпром нефть" подал жалобу в ФСФР, которая 23 августа 2007 года приостановила лицензию "Реестр-Центра".
24 октября 2007 года владелец блокпакета ОАО "Ингосстрах", чешская компания PPF Investments, пожаловалась в ФСФР на Межрегиональный регистраторский центр. PPFI обвинила МРЦ в том, что ее не уведомили о собрании акционеров страховщика, на котором было принято решение об увеличении его уставного капитала. Это размыло бы долю PPFI до 9,6%, что было выгодно мажоритарному акционеру "Ингосстраха" Олегу Дерипаске. В октябре 2008 года чехам удалось добиться признания допэмиссии незаконной.