На первых выборах президента Азербайджана, состоявшихся 8 сентября 1991 года, победил первый секретарь ЦК Коммунистической партии Азербайджана (КПА) Аяз Муталибов, набравший 98,5% голосов при явке 85,5%. После снятия за неделю до выборов лидера социал-демократов Зардушта Али-заде он остался единственным кандидатом. После избрания президент устроил блокаду бойкотировавшей выборы Нахичеванской республики, парламент которой (Верховный меджлис) возглавлял бывший первый секретарь ЦК КПА Гейдар Алиев. 6 мая 1992 года ушел в отставку под давлением оппозиционного «Народного фронта» в результате военных неудач в Нагорном Карабахе. 14 мая восстановлен в должности Верховным советом, но на следующий день бежал из страны.
Вторые президентские выборы 7 июня 1992 года выиграл диссидент Абульфаз Эльчибей, получивший 59,4% голосов при явке 76%. 4 июня 1993 года полковник Сурет Гусейнов в городе Гянджа поднял мятеж против президента. В ночь на 18 июня после неудачных переговоров при посредничестве Гейдара Алиева Абульфаз Эльчибей бежал из Баку в Нахичевань. 25 июня 1993 года Национальное собрание Азербайджана проголосовало за передачу полномочий президента республики Гейдару Алиеву, а 28 августа 1993 года на референдуме о доверии Абульфазу Эльчибею за снятие с него полномочий президента высказались 97,5% голосовавших (явка 92%).
На третьих президентских выборах 3 октября 1993 года победил Гейдар Алиев с результатом 98,8% голосов при явке 97%. Международные наблюдатели назвали выборы неконкурентными и несправедливыми. 11 октября 1998 года Гейдар Алиев был переизбран. За него проголосовали 76,11% из 77,9% зарегистрированных избирателей.
Пятые президентские выборы, прошедшие 15 октября 2003 года, выиграл сын Гейдара Алиева, премьер-министр Ильхам Алиев. За него проголосовали 76,9% избирателей при явке 71,2%. Ильхам Алиев был переизбран 15 октября 2008 года с результатом 89% голосов при явке более 70%.