Родился 3 мая 1965 года в Москве. Во время учебы в Московском финансовом институте организовал с сокурсником, ныне губернатором Красноярского края Александром Хлопониным артель по производству "вареных" джинсов. В 1989 году окончил вуз и сразу возглавил департамент Международного банка экономического сотрудничества. В 1992 году возглавил правление банка "Международная финансовая компания", в 1993 году — правление ОНЭКСИМбанка, которым владел вместе с Владимиром Потаниным. В 1998 году избран членом совета директоров холдинга "Интеррос", объединившего активы партнеров, в том числе ГМК "Норильский никель". С ноября 2000 года также занимал должность президента Росбанка, с июля 2001 года — гендиректор "Норникеля" (покинул этот пост 2 апреля 2007 года). С мая 2007 года — руководитель собственной группы ОНЭКСИМ.
С состоянием в $19,5 млрд занимает 24-е место в мировом списке миллиардеров журнала Forbes. Ежегодно тратит несколько миллионов долларов на поддержку хоккейного и баскетбольного клубов ЦСКА, ФК "Москва" и мини-футбольного клуба "Норильский никель". В августе 2006 года "за достигнутые трудовые успехи и многолетнюю добросовестную работу" награжден орденом Дружбы. Ведет личный интернет-блог (http://md-prokhorov.livejournal.com).