В январе 2003 года в аэропорту Шереметьево лишен визы и отправлен обратно в Германию журналист Гюнтер Вальрафф. МИД обвинил его в предоставлении ложных данных: своей целью он назвал посещение Москвы, а в интервью перед поездкой сообщил, что едет в Чечню. Кроме него в визе отказывали известным журналистам Петре Прохазковой (Чехия) и Андре Глюксману (Франция). По данным Центра экстремальной журналистики, с 2000 года в страну не пустили около 40 европейских работников СМИ.
10 апреля 2005 года в Домодедово аннулирована виза епископа Евангелическо-лютеранской церкви европейской части России Зигфрида Шпрингера. Визу вернули после обращения церкви к Владимиру Путину. В 2002 году "в целях безопасности" запрещен въезд главе епископата в Восточной Сибири поляку Ежи Мазуру. В разное время виз лишались другие католические священники, а также немецкий лютеранин Эберхард Беренс и шведский евангелист Лео Мартенссон.
В июле 2005 года отказано в визах 12 депутатам парламента и советнику премьера Эстонии, намеревавшимся посетить Печорский район Псковской области. Они принадлежали к партиям, выступающим за передачу района Эстонии. В ноябре 2005 года в РФ не попал глава МИД Эстонии Урмас Паэт. МИД РФ объяснил, что он поздно подал запрос на визу.
В ноябре 2005 года был запрещен въезд главе британского инвестфонда Hermitage Capital Management Уильяму Браудеру. По данным СМИ, причиной стало участие фонда в проблемах с консолидацией акций "дочек" "Роснефти", вынудивших компанию проводить IPO до перехода на единую акцию.
В ноябре 2007 года на задержки с визами пожаловались наблюдатели Бюро по демократическим институтам и правам человека (БДИПЧ) ОБСЕ, собиравшиеся на выборы в Госдуму. МИД заявил, что ОБСЕ "не удосужилась" снабдить наблюдателей информацией о необходимых документах.
В январе 2008 года, в разгар конфликта вокруг региональных офисов Британского совета, МИД России заявил о прекращении аккредитации действующих сотрудников британских генконсульств, обеспечивающих работу совета, и об отказе в выдаче виз новым сотрудникам. Итогом стало прекращение работы региональных офисов совета.